燃料电池汽车是一个复杂的汽车系统，控制上也存在很多需要优化的问题。
1）燃料电池本身控制
质子交换膜燃料电池是一个多输入、多输出的非线性时变系统，其系统比较复杂，难以建模，会受到进气压力、温度、湿度、电流密度等多种因素的影响。因此，为了提高系统的工作性能，保持良好的运行状态，恰当的控制策略依然是未来很长一段时间内的研究课题。
2）冷启动控制
当环境温度较低时，燃料电池供氢，启动燃料电池会出现结冰现象，破坏电堆结构，车载供氢系统，影响电堆寿命。一般通过关机时吹扫和开机时加热两种方法辅助进行冷启动。如何在保护电堆的前提下缩短冷启动时间，也是对燃料电池汽车发展过程中不得不优化的问题。
3）整车控制
燃料电池从本质上讲是一台发电机，不能储存电能，一般与电池一起作为车辆的能量源，供氢，所以燃料电池汽车等价于一台增程式电动汽车，只是用燃料电池代替了发动机。由于燃料电池效率随负载变化、功率响应较慢等等原因，导致在整车动力性、经济性优化控制上依然存在较大提升空间。
供氢系统
氢安全要求：首先是氢安全要求。我们在储氢系统集成设计时，零部件需满足以下要求：·
与高压氢气直接接触的零部件材料应具备氢气兼容性，零部件在选择材料时，应充分考虑氢脆现象对设计寿命的影响。如高压管材料选择抗氢脆的316L不锈钢材料；零部件要根据整车实际运营工况，完成各自功能性试验和安全性试验，安全性试验包括耐久试验、压力、温度、振动循环试验、气密测试、安全范围压力等。
氢系统安装位置，应距车辆边缘有100mm距离，如果距离不足，应设计保护措施。如防撞框架等；
车辆发生碰撞时，主关断阀应根据设计的碰撞级别，立即（自动）关闭，切断向管路的氢气供应；
在安装氢气系统的封闭或半封闭空间的上方的适当位置，至少安装一个或以上氢泄漏探测器，能实时检查氢气的泄漏量，并将信号传递给氢气泄漏警告装置。
我们在设计氢系统集成方案时，应该包括且不限于以上的氢安全要求。
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